论文查重后引用都被标红可能有以下一些原因。首先，可能是引用格式不正确。比如，没有按照规定的格式来标注引用，或者标注的信息不完整。这样查重系统就无法准确识别这是引用内容，从而将其当作普通文本标红。

其次，有可能是引用的内容过多。虽然是引用，但如果大量连续引用，可能会被系统认为是过度借鉴，而将其标红。

再者，也许是所引用的文献来源本身存在问题。比如该文献在查重系统的数据库中被标记为有问题，那么引用它的部分也可能被标红。

还有一种可能，就是在查重之前对论文进行过一些不恰当的修改。比如在修改过程中不小心破坏了原本正确的引用格式，导致系统无法识别。

另外，不同的查重系统对于引用的判断标准可能有所不同。如果使用了不太合适的查重系统，也可能出现这种情况。

最后，有时候可能是因为论文中存在一些隐藏的格式问题，比如空格、换行等不规范的情况，影响了系统对引用的判断。

为了解决这个问题，要仔细检查引用格式是否正确，尽量做到规范、完整；控制好引用的篇幅，避免过度引用；确保引用文献的可靠性；在修改论文时要注意保持引用部分的完整性；如果有必要，可以尝试使用更权威的查重系统进行检测。这样才能更准确地判断引用部分是否存在问题，并及时进行修正。